El Steam Deck funciona con SteamOS, un sistema operativo personalizado basado en Linux desarrollado específicamente para ejecutar Steam y sus juegos.
Es posible instalar Windows en tu Steam Deck si lo deseas, pero los controladores son rudimentarios y hay un montón de obstáculos cuando se trata de controlar Windows a través de los controles de Steam Deck o su pantalla táctil. Un proyecto filtrado de un hackathon interno de Microsoft muestra que el personal del desarrollador del sistema operativo ha notado estos problemas, aunque parece que una versión de Windows optimizada para dispositivos portátiles de juegos está muy lejos.